探索Linux的生物信息――开启科技发展之门(linuxbio)
Linux 生物信息(Bioinformatics)就像一扇开启科技发展之门的钥匙,在最近数十年里,快速发展有了巨大的成果,影响着包括医学、生物、计算机科学等学科,也更多地影响着我们日常的生活。Linux作为一个开源、易于安装和使用的操作系统,可以极大的支持我们的生物信息技术学习和应用,它具有高性能、功能强大且可靠性高的特点,是开发生物信息领域多种软件应用的理想服务器环境。
在Linux上安装生物信息程序一般有三个步骤,一是安装必要的编译器和必要的系统库;二是下载源码并使用相应的工具,如make、gcc编译安装;三是按照相应的参数设置环境变量,使程序能够在Linux系统中调用和执行。由于Linux操作系统的特性,一般使用命令行的方式完成安装,这也是使用Linux的一个要求。
例如,在Linux上编译一个Tensorflow程序:
一、安装必要的软件包:
sudo apt-get install python-dev python-pip git gcc-4.8 g++-4.8 libcupti-dev
二、下载Tensorflow源程序:
git clone -b r1.10 –depth 1 https://github.com/tensorflow/tensorflow
三、编译安装:
cd tensorflow
./configure
make -j
四、设置环境变量:
export TENSORFLOW_HOME=tensorflow
通过以上步骤,就可以在Linux上安装Tensorflow程序。
Linux可以大大加速生物信息的研究和应用过程,可以完成数据采集、预处理、管理和建模,模型计算、数据可视化等工作,它还可以结合其他系统来处理生物信息,为研究和实践提供更加强大的功能支持。因此,Linux系统在生物信息学领域有着重要地位,它是一个开源、易于获取和使用,具有高性能和功能强大的选择,为实现生物技术的进步和发展创造了极其重要的基础。