Linux装载FastQC：优秀数据分析的必备步骤 (linux zhuang fastqc)

在生物信息学和基因组学研究中，数据分析扮演着至关重要的角色，FastQC则是一款十分常用的分析工具。FastQC（FastQC Quality Control）是一款免费、开源、自动地进行快速体系结构检查的软件，能够针对测序数据进行自动质量控制，帮助科研工作者提高数据的质量，从而提高研究的可信度。本文将介绍如何在Linux环境下装载FastQC。

1. 前置条件

FastQC是一款基于Java的单文件应用，需要预装Java运行环境（JRE）或Java开发工具包（JDK）。以此前提条件而言，你需要在服务器或工作站上安装好Java，如尚未完成，请先完成Java的安装。

2. FastQC的下载与安装

2.1 下载

安装FastQC，我们需要访问官方网站下载链接：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/，并点击 “Download Now!” 按钮即可开始下载。

2.2 解压

下载完成后，将fastqc_x.xx.zip解压到合适的目录下（例如/opt/software/）。

sudo apt-get install unzip

sudo unzip /path/to/fastqc.zip -d /opt/software/

FastQC不需要安装，只需将解压缩后的FastQC目录添加到环境变量PATH中并赋予可执行权限即可。

2.3 赋权

tar –zxvf fastqc_v0.XX.X.zip

sudo chmod 755 /opt/software/FastQC/fastqc

3. 使用FastQC

在解压之后的FastQC目录下会发现有一个fastqc脚本，它是一个命令行脚本，我们将通过这个脚本来启动FastQC。

3.1 输入样本数据

FastQC能够处理多种类型的数据，包括FASTA文件和FASTQ文件，我们将采用FASTQ格式的测序数据。对于使用最新Illumina平台测序的样本数据，一般情况下包含两个序列文件，这些文件通常需要合并成一个文件，因此我们需要使用cat命令将这两个文件合并到一起。

cat sample_R1.fastq.gz sample_R2.fastq.gz > sample.fastq.gz

3.2 运行FastQC

成功装载FastQC并设置环境变量后，我们就可以在命令行输入fastqc命令来检查样本数据的质量。

cd /opt/software/fastqc_v0.11.9

./fastqc sample.fastq.gz

3.3 分析结果

分析完成后，FastQC会生成一个HTML格式的报告，会提示我们测序数据的各种质量指标，例如：序列长度分布、GC含量分布、质量分布、序列重复性等。通过对这些指标的分析，我们可以更好地了解我们的样本数据并作出更好的数据分析。

4. 安装FastQC的专业版本

FastQC的专业版FastQ Screen可以帮助研究人员分析高通量测序数据中的污染和验证结果。要安装FastQ Screen，请按照以下步骤进行操作。

4.1 下载

首先需要在官网下载fastq_screen程序：https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastq_screen/

4.2 安装

解压文件并进行安装：

tar -zxvf fastq_screen_v0.13.0.tar.gz

cd fastq_screen_v0.13.0

./setup.sh /opt/software/fastq_screen

4.3 配置

配置fastq_screen的配置文件fastq_screen.conf，比如，设定blast的安装路径等。

cd /opt/software/fastq_screen/

vi fastq_screen.conf

4.4 运行

使用以下命令运行fastq_screen：

./fastq_screen –conf=fastq_screen.conf –subset=1000000 –outdir=/path/to/output sample.fastq.gz

通过以上步骤，我们就可以使用FastQC和FastQ Screen为样本数据进行数据质量评估和污染评估。这是优秀数据分析的必要步骤，也是发表优秀论文和发表可信性的数据的必要步骤。