利用LAMMPS在Linux系统上进行计算（lammpslinux）

Linux作为一种免费、稳定、健壮开源操作系统，拥有众多优秀的特性，其在计算机和分布式计算领域应用较多。LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一款物理建模与模拟软件，基于密度泛函理论针对无机材料、离子液体、可塑材料和生物大分子等进行精确计算。本文将介绍如何在Linux系统上利用LAMMPS进行计算。

1.在Linux系统上安装LAMMPS

（1）下载LAMMPS代码，也可以自行编译LAMMPS代码库，比如下载http://lammps.sandia.gov/

（2）安装必要的依赖库，建议下载MPI，FFT，JPEG库，使用apt-get或yum等进行安装。

（3）在linux命令行下，进入lammps文件夹，解压lammps.tar.gz文件，用make命令编译lammps代码，完成编译后在bin目录下会多出lammps可执行文件。

2.利用LAMMPS进行计算

（1）准备输入文件，输入文件是一个类似文本文件的文件，以物质的结构、物性、原子数等元素为主。

（2）在解压后的lammps文件夹中的examples子文件夹中存有一些系统的示例文件，如果要运行自己的输入文件，只需要将输入文件移动到examples子文件夹。

（3）要使用MPI运行时，除运行程序外，还需要使用MPI指令mpirun，其语法形式为：

mpirun -np [Number] ./lmp_ompi -in your_input_file

其中，Number为进程数，your_input_file为输入文件名，可以打开计算结果文件(.log或.dump)，从中查看结果。

3.结果

通过上述步骤，我们可以在Linux系统上成功安装并启动LAMMPS，并能够计算出用它模拟的物理系统的结果，有用的计算结果可以用于更深入的研究，从而获得更精准的物理建模结果。